速奔向了覆舟山（今南京钟山）。

桓玄以桓谦为征讨都督，与游击将军何澹之率一万三千军守覆舟山东陵，以卞范之率七千兵屯于覆舟山西麓，作为东陵后援。

刘裕则背水一战，命全军丢弃粮草，又以老弱残兵为疑兵，登上覆舟山，见着空地就插上旗帜，颇有几分淝水之战时草木皆兵的韵味，果然，桓谦摸不透刘裕的兵力，顿时阵脚大乱。

刘裕趁机分兵数路，他自领一军向桓谦冲杀而去，将士们均是悍不畏死。

刘裕又见东北风起，立即派人顺风向桓谦军放火，霎时间，桓谦军彻底崩溃，桓谦、何澹之、卞范之眼看局势已一发不可收拾，只得逃回了建康。

接连战败，桓玄心胆俱丧，无意再撼刘裕锋锐，连夜命人给自己的船上装满服饰珍玩，名人字画，领数千随从登船，以指挥作战为借口逃离建康，并挟持司马德宗与王神爱，向着荆州驶去。

至此，刘裕终于入主了建康，但是皇帝被挟持走了，他必须再推一个出来，于是矫司马德宗密诏，请司马德文监国，司马德文则进刘裕为侍中、车骑将军。